明孝陵的营建，约可分为择地、拆迁、初建、续建、损毁、保修几个阶段。朱元璋出身贫寒，由于生活无靠，出家做了和尚，元至正十二年（1352年）他25岁那年，参加了郭子兴的农民起义军，在军队中，他的军事才能得以展现，最终在南京实现了他一统天下的政治抱负。1368年，他正式称帝，建立明朝，定都金陵。
1、孝陵择地：
关于明孝陵择地的时间问题，过去一直未有人注意，近年来，我们在对明孝陵研究的过程中，认为朱元璋选钟山南麓作为万年宝地应在洪武二年之前，理由如下：①史书记载明孝陵陵址是由朱元璋、刘基、徐达、
汤和等 君臣议定，刘基1371年即致仕归里，则刘基参与此事，应当在洪武三年前。②明孝陵在钟山之阳，附葬功臣墓在钟山之阴。洪武二年八月，诏葬开平王常遇春于钟山之阴，则钟山之阳留作国
君陵寝用地已成事实，后在钟山之阴相继葬蕲国公康茂才（洪武三年）、海国公吴桢（洪武十二年）、江国公吴良（洪武十四年）等功臣，都在明孝陵建造之前。表明明孝陵“以功臣陪葬”之制，早在洪武二年八月前就已确定。
2、孝陵营建前的拆迁：
朱元璋选定的陵址，正好是钟山主峰下的独龙阜。钟山有西、中、东三峰，形如笔架，中峰最高，中峰向南一线自古以来堪称“风水宝地”，在这一线上，目前所知有最早在南京定都的吴大帝孙权陵、刘宋时代的北郊坛（地坛）、梁代名刹开善寺及高僧宝志的舍利塔等。
朱元璋选独龙阜作为归葬之地，必须要迁走原先在此的古刹蒋山寺（即原开善寺）及高僧宝志的灵塔。洪武九年（1376年），蒋山寺动迁工程开始，洪武十四年正式建陵这一年，朱元璋又下诏“迁蒋山寺及宝公塔于东冈，改赐寺额为‘灵谷寺’，榜外门曰‘第一禅林’”。洪武十四年（1381年）九月，孝陵陵址上已是一片空地，为建陵工程提供了土地条件，建陵工程正式开始。近年来，考古人员在发掘孝陵东、西配殿及陵宫门基址时，于明代地层下见到唐宋和六朝遗物，而且在孝陵附近还发现南朝时代佛塔石构件，证明文献所载完全是事实。
3、初建：
孝陵的主体工程约从洪武十四年（1381年）九月开始，到洪武十五年八月马皇后卒，九月葬入孝陵，谥曰“孝慈”，其间不过一年时间，工程不可谓不速。此后工程继续进行，到洪武十六年，孝陵殿（即享殿，北京十三陵称“祾恩殿”）落成。从陵宫格局看，与“孝陵殿”同时完工的应该还有陵宫门、左、右配殿、具服殿、御厨、东西井亭甚至内红门、方城及明楼等，即孝陵陵宫内所有建筑到洪武十六年应都已完成。通过近年来对这些建筑基址的发掘，也能证明它们具有完全统一的规划设计、建造技术和用材风格。
4、续建：
洪武十六年以后，孝陵的营建并未结束，长2000多米的神道上还有一系列建筑有待完成，还有环绕陵域即钟山一周的外郭垣等待建造，可惜，今天我们查不到有关孝陵陵宫以外建筑物的具体建造年代，但从洪武二十六年（1393年）发布“车马过陵及守陵官民入陵者，百步外下马，违者以大不敬论”诏命而言，神道起点的“下马坊”应于这一时期建成，另史书有载永乐二年（1404年）筑孝陵垣墙即外郭城垣，碑楼内的《大明孝陵神功圣德碑》则完成于永乐十一年（1413年）。我们认为，明孝陵陵宫外的建筑如外郭城垣及城门（大金门）、碑楼、24件石象生、石构棂星门以及御河桥等，应晚至永乐十一年左右，都已完成了。